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明末大瘟疫是怎么一回事？
題主，我是老實人，我來回答你的問題。
我們先一起看看瘟疫的整體情況：
據歷史記載，就在明王朝內憂外患之時，一場大規模的瘟疫開始席卷了明王朝的大江南北。這場瘟疫發生于1633年，最早從山西開始爆發，一下子就席卷了山西全境。據《古今圖書集成》記載：
垣曲、陽城、沁水大疫，道殣相望。高平、遼州、大疫，死者甚多。
在很短的時間內，這場瘟疫就擴散到陜西、北京、河北、河南、山東等地，并進一步演變成席卷南京、浙江等地的特大瘟疫，是明朝萬歷年間大瘟疫后的又一次大瘟疫。據記載，到明朝滅亡的1644年這場瘟疫都仍然在繼續，在天津爆發，達到最高潮。據《明史》記載：
一人染疾，傳及闔家，兩月喪亡。
瘟疫的特點
首先，這場瘟疫當時的人稱之為“探頭瘟”，瘟疫傳染速度更快，死亡率更高。比如據記載，開封府武縣感染上瘟疫的人“死者十九”，更有無數家庭直接滿門滅絕。當時居然達到了一人染上瘟疫，全家人在短時間就會感染，不出兩個月全家滅絕的情況。《陽武縣志》記載：
瘟疫大作，死者十九，滅絕者無數。
其次，雖然與萬歷年間的大瘟疫一樣，山西仍然是這次瘟疫的原發地，但瘟疫的流行卻呈現出多個疫情中心的情況。據記載，當時的京師和天津地區疫情十分慘烈，甚至超過了原發地山西地區，而南方地區的南京又是另一個疫情中心。
這場大瘟疫發生和蔓延的原因
1.明朝末年生態環境惡化、災害頻繁發生
明朝末年，由于土地兼并加劇，流民增多。大量的流民流向了邊境地區開墾荒地，導致邊境地區的生態環境逐漸惡化，而這一地區恰恰是鼠疫自然疫源地，導致鼠類向內地遷徙覓食。
而內地由于人口數量的大幅增加，生活垃圾明顯增多，而官府卻沒有采取相應的措施來規劃、處置這些生活垃圾和衛生問題，導致內地生態環境同樣也不容樂觀。
另外，據記載，明朝末年的大小災荒遠遠高于歷史上大多數時期，這也使得民眾長期處在不正常的生活秩序，身體抵抗能力明顯降低。
2.頻繁的戰爭使得人口大量死亡與大規模流動
一般而言，戰爭會引起人口的大量死亡，而這些大量因戰爭、饑餓或疾病的死者尸體往往大多數并不能被及時得到處理與掩埋，這也就為瘟疫的發生和傳播提供了溫床。而明朝末年，政局動蕩，其中又以明王朝與李自成勢力、張獻忠勢力之間的戰爭最為頻繁，使得全國各地幾乎都陷入了戰爭的動蕩中。比如據記載，1632年遼州被攻下后，尸體堆積如山，滿門滅絕的就有幾百戶。
而且，戰亂往往會影響社會的穩定，使得大量人口出于躲避戰亂出逃，從而使得部分人可能攜帶瘟疫逃亡其他本來安全的地區，最終加快了瘟疫的蔓延速度。據記載，當時凡是農民軍經過的地方，往往攜帶有瘟疫，甚至出現了：是年凡賊所經地方，皆大疫，不經者不疫。
3.官府對社會醫療體系的不重視和救治效率的低下
明朝時期，明朝的統治者效仿前朝舊制，依舊設置了醫學和惠民藥局兩個機構。但是明朝對這兩個機構的重視程度卻顯然不如前朝，導致實際運行效果太差。這主要表現在以下幾點：
備注：醫學是明朝政府主辦的用于培養和訓練醫師的機構，協助治療各地病人。惠民藥局則用于儲備藥品，以備不時之需。
一是明朝時期對醫官的選拔形同虛設，明朝的醫官普遍醫療水平不高，甚至多次出現庸醫誤人的情形。
二是惠民藥局雖然朱元璋時期就成立了，但由于經費撥付不足，導致惠民藥局逐漸從一個常設機構變成了一個臨時的救濟機構。據記載，在萬歷年間，這個機構就已經只剩下遺址了，只有當瘟疫發生時才會在這個遺址上發放藥物，甚至到明末時，這些遺址附近發放藥物也只剩下零丁幾處地方。
三是沒有系統的制度維持運行，盡管個別皇帝在位時由于個人喜好有所重視，但都是偶然之舉，并未建立從京城到地方的一套完整制度，救助不成系統，范圍也有限。
四是政府對醫學技術的不重視。其實早在宋朝時期，就已經發現了隔離治療的方法來對付瘟疫，但是明朝時卻基本沒有采取這種科學的方法。
對明末戰局的影響
過去對明朝末年的戰局分析往往側重于軍事和政治，但我們如果將瘟疫與戰局結合起來的話，卻會發現明朝末年的大瘟疫影響了當時的戰局進展，這種影響主要表現在兩個方面：
一是這場大瘟疫使得明朝的社會矛盾進一步激化了，加劇了區域經濟和社會的崩潰，從而使得農民起義的規模進一步龐大。而主要發生于明朝核心統治區域的瘟疫又使得明王朝的國力和統治力量得到了明顯的衰弱；
二是這場瘟疫甚至直接影響到具體戰役的進行。比如李自成軍隊攻打北京時，當時北京已經爆發了瘟疫，導致城池的防守能力下降，使得李自成很順利的拿下了北京。而某種程度上，李自成選擇撤出北京，似乎可能也可能和這場瘟疫有關系，《明史紀事本末》：……京營兵疫，其精銳又太監選去，登陴羸弱五六萬人，內閹數千人，守陴不充。
我是潘多拉效應，很高興回答你的問題。明代中期以后中國進入了一個空前少雨的年代，出現全國性的大旱災。萬歷、崇禎年間，旱災變得越來越頻繁，大旱之年的比率也在增加。波及華北數省的大鼠疫首先在山西爆發。
明末大鼠疫開始于崇禎六年（1633年），地點是山西。崇禎十四年傳到河北，并隨著李自成和清朝的軍隊傳到更多的地區。崇禎十四年（1641年），鼠疫傳到北京，造成北京人口的大批死亡。
明末鼠疫這場大鼠疫是的“街坊間小兒為之絕影，有棺、無棺，九門計數已二十余萬。”北京在1643年的8月到12月間，保守估計死亡人數已高達全城的五分之一。所以當次年的4月，攻進大明帝國的都城北京時，他面對的是一座“人鬼錯雜，日暮人不敢行”的死城。
異常寒冷的氣候頻繁引發水災、旱災、蝗災、鼠疫等，成為波及全國范圍的大瘟疫，形成“水旱災——饑荒——瘟疫”的惡性循環，,成為明王朝崩潰的根本原因歷史記載，自明嘉靖始，明朝與蒙古邊境之間常有變亂，致使許多漢人逃往蒙古草原，大面積的牧場被開墾為農田，改變了牧場的生態環境。其中，原本生活在草原上的老鼠生存空間被壓縮，人與鼠接觸的機會大大增加。
同時，明朝末年恰又是旱災頻發的年代，萬歷期間曾有過三次大旱且均引發瘟疫；崇禎十四年，再遭大旱且歷時4年。旱災肆虐，逃荒保命的不只是難民，老鼠也需到處尋找食物，較大數量的老鼠進入人類的居住地也就順理成章了。鼠疫桿菌通過寄存在它們身上的跳蚤將病毒傳染給了難民，而難民的遷徙流動又使病毒延伸到更大的地域。華北地區作為明末農民戰爭后期的主戰場，天災人禍并至，明末大瘟疫正是在這樣的背景下開始醞釀。
1618年，萬歷46年，廣東下起了大雪，這標志著“小冰河時期”的開始，從這時開始中國遭到了持續干旱和低溫的侵襲，到1638年，崇禎11年，漕河干枯，1640年，崇禎13年，黃河干枯了，而長江和淮河竟然已經全部封凍。明朝末年中國內地大部分地區進入小冰河時期，全國性的旱災蝗災和鼠疫長年反復上演。對于一個龐大的農業國家根本無力抗拒這種打擊。伴隨著自然災害而來的是內部的暴動，東北和西南地區發生的叛亂。
崇禎10年-14年，中國華北地區連續4年大旱。崇禎14年，在山西北部一個春季干旱荒野上的午后，一只因為體內鼠疫菌正在大量繁殖，而堵塞消化道無法吸血的跳蚤，跳上一只灰老鼠身上拼命的叮咬它，這時大量的鼠疫菌進入被叮咬的灰老鼠體內。于是鼠疫菌在這個身材比跳蚤大無數倍的新家更加快速的繁衍，十多個小時以后，灰老鼠開始出現高熱癥狀，它的內臟開始潰爛出血。在灰老鼠死時，它體內的大量鼠疫菌開始轉移到附件的其他老鼠身上，隨后從一個老鼠家庭向另外的老鼠家庭傳染。
常年干旱食物減少，老鼠們身體虛弱，免疫力下降，很快整個地區，都布滿了鼠疫菌。干旱缺水也導致了鼠疫菌以更快的速度繁殖。
很快成群結隊的帶菌老鼠由于高熱導致身體炎熱難忍，它們到處尋找水源拼命的喝水。于是為了尋找水源，老鼠們集體出發，開始了向四面八方搬家的歷程，在這個旅程中更多被感染的老鼠加入了搬家大軍。
崇禎14年夏天，中國內地突然出現大群大群的老鼠互相咬著對方的尾巴成群結隊渡過江河險阻，進入安徽，河南，河北等諸省。50%的崇禎年份都是大旱，大旱造成糧食大幅度減產，國民體質嚴重下降，衛生條件極度惡化。在這一年崇禎14年，中國內地還是普遍大旱，在河北春季幾乎無雨，老鼠大軍找不到水喝繼續向更南的南方進軍。
同時饑荒中慌不擇食的人們開始偷吃老鼠藏在洞里的食物，吃成片死在路邊的老鼠，橫掃全國的鼠疫大爆發終于開始了。于是在中國的史書上留下了，崇禎14年始，大名府瘟疫大行，人死十之五六，歲大兇。廣平府大饑疫，人相食。京師大疫，天津大疫。河南全省大疫，開封府陽武縣死者十九，滅絕者無數。榮陽，民死不隔戶，三月路無人行。
山東青州，濟南，德州，泰安相繼發生大疫。安徽大疫，青蠅大如棗，鳳陽府，安慶府，廬州府相繼被鼠疫攻陷，死者最多的地方死亡人口達到90%，于是廬州府，就是現在的合肥一帶，民有絕戶，繁華大街如同靜夜，無人行走。
氣候變化還會導致瘟疫的流行。由于大規模的流民出現，瘟疫在明代后期也日益猖獗。據《明史》記載，從1408年到1643年，發生大瘟疫19次，其中1641年流行的一次瘟疫遍及河北、山東、江蘇、浙江等。當時著名醫學家吳有性在《瘟疫論·原序》就著重指出：“崇禎辛已（1641年），疫氣流行，山東、浙省、南北兩直，感者尤多。至五六月益甚，或至闔門傳染。”
明末的大鼠疫深刻地改變了社會秩序、人口結構、政治格局和人文環境。對于大明王朝滅亡的原因，史學界一直存在爭議。一般認為是李自成推翻的，滿清人在后面撬墻腳。也有的認為是大明朝廷內部出了問題。壞在宦官和政治腐敗上。這些觀點可以說“是”，也可以說“不是”。如果跳出史學，從流行病學的角度分析，問題便很簡單了——鼠疫，是鼠疫直接導致天下大亂。崇禎年間的大鼠疫，間接造成了北京的淪陷與明朝的滅亡。
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